En el año 2015, todos los libros de historia hablan acerca del segundo impacto; este fue la causa de que la mitad del mundo se evaporara de la faz de la Tierra. Todos creyeron que fue el impacto de un meteorito contra la Antartida, pero eso no fue cierto... Mas tarde veremos que fue lo que paso.

Al principio de la historia, conocemos a un tal Shinji Ikari un individuo cobarde, frustrado y poco seguro de si mismo (traduccion: sujeto un poco maricon). Este llega a Tokyo 3, la reconstruida ciudad de Tokyo, porque su papá lo llamo. Su padre lo abandono poco tiempo despues de que su madre muriera, por lo que el lo odia.
Al llegar, se da cuenta de la batalla que estan librando el ejercito contra un enorme y extaño ser (este es un angel). En el ultimo momento, Katsuragi Misato, una mujer que trabaja para el papá de Shinji, lo salva, y lo lleva a NERV, una organizacion secreta para combatir a los angeles, que esta respaldada por la ONU.

A partir de ahi, se desencadenaran toda una serie de momentos de accion, dramaticos y comicos, todo en torno al problema que existe con los angeles, el posible tercer impacto, las traiciones de un grupo de personas poderosas llamada Seele, y todo lo demas.

Uno de los aspectos mas chidos de Evangelion son los Mechas (robots). Estos estan increibles, y son muy extraños. Los Evas no se limitan a ser el arma de los pilotos, pues en algunas ocasiones el Eva se sumerje en un frenesi de violencia y destruccion, el cual no acaba hasta que el Angel ha sido totalmente destruido, lo cual pone en peligro al individuo que esta dentro de el.